Bij IGS zijn de darmen van een hond niet goed in staat tot het opnemen van vitamine B12. Dit wordt veroorzaakt door een defect in de eiwitten die B12 normaal gesproken opnemen. Dit defect ontstaat doordat de genen die voor dit eiwit coderen dit niet voldoende of helemaal niet doen. Het gevolg is dat de hond een vitamine B12 tekort krijgt. Dit tekort bouwt zich langzaam op en de eerste symptomen zie je bij Border Collies meestal tussen de 6 en 9 maanden.
Symptomen kunnen zijn: vermoeidheid/lusteloosheid, niet willen eten en/of niet aankomen in gewicht. Pups groeien vaak minder goed of er is sprake van haaruitval. Uiteindelijk kan een tekort aan vitamine B12 leiden tot allerlei neurologische klachten, variërend van spierzwakte tot epileptische aanvallen. IGS is een autosomaal recessieve aandoening. Dit betekent dat twee 'vrije' ouderdieren deze aandoening niet kunnen doorgeven aan een volgende generatie. Hun pups zullen automatisch vrij zijn, omdat beide ouders enkel gezonde genen meegeven.